PDF《第21 卷1期》

14 种NPV 的gp41 和ph,计算每

100 个 核苷酸的突变率,并统计出平均值.

2 结果与分析 2.1 SpltMNPV gp41 基因的克隆 以SpltMNPV 日本分离株(C3)基因组 DNA 为 模板,用设计的一对引物对 gp41 基因进行 PCR 扩增,扩增产物克隆到 pMD18T 载体,对重组质粒进 行PCR、酶切和测序鉴定,确定获得的基因序列完 全正确. 构建的重组表达载体 pET28a-gp41 经PCR、 酶 切和测序鉴定,确定获得的基因序列完全正确. 2.2 SpltMNPVgp41 基因序列特征以及 GP41 蛋白 的二级结构预测 选取二个阳性重组质粒,进行序列测定,确定 序列正确后登录 GenBank ,登录号为 AY605063. 核苷酸序列分析表明,该克隆片断涵盖了 993bp 的 编码区及 5'

端246bp 和3'

端189bp 的序列.在 胡兆丽, 等. SpltMNPV 日本分离株 gp41 的克隆表达及 gp41 和ph 的进化分析

59 起始密码子 ATG 上游位于-54~-51bp 处存在晚期 基因共有的启动子基序 ATAAG,属于晚期强启动 子;

在-61~-58bp 处有 TATA 盒. 将推测的 GP41 蛋白的氨基酸序列及其他

9 种NPV GP41 蛋白的氨基酸序列比对后利用 PHDsec 进行了蛋白质二级结构预测.氨基端和羧基端差异 显著,2 个Cys 和9个Pro 在形成的蛋白质二级结 构中十分保守(如图

1 所示) .

1 α-helix loop β-sheet α-helix loop α-helix α-helix loop

231 McMNPV ………… VDYVNTIVRY …… DTYP VDVNVT …… ASLISNYKRLQKE … DKP …… PSYAQKFY …… GSVEEAARQLGYAVQYMIAQA … NTPIPLP … SfNPV ………… VDYVNKIVRY …… ETYP VDVNAT …… VNLMNNYKRLQKE … NKP …… PSYAQKFY …… GSVEEAARHLGYALQYQIAQA … NTPIPLP … SLNPV(JP )………… VDYIDKIIKY …… DSDP VSVNVV …… ENLIKHYARLRKE … GSD …… PSYAQKFY …… GSVAEAARHLSVALQYMIADA … NTPIPLP … HzNPV ………… VDYVERIIRF …… ESHP ISVNVV …… ENLIKHYSRLRKE … GSE …… PSYAQKFY …… DSVSEAAHELGEALQYQIAEA … NTPIPLP … LdMNPV ………… VDYVDRVIKY …… DTNP VDVNVV …… ENLIKHYARLAKD … GSA …… PAYAQKFY …… SSVAEAAKQLGLAVQYQVAQA … NTPIPLP … AcMNPV ………… VDFVQKIIRY …… DTNP ISVNVV …… ETMIRHLIRLQKE … QSN …… PAYAQKFY …… DALAEAAKQLSLAVQYMVAEA … NIPIPLP … BmNPV ………… VDFVQKIIRY …… DTNP INVNVV …… ETMIRHLIRLQKE … QGN …… PAYAQKFY …… DALAEAAKQLSLAVQYMVAES … NIPIPLP … OpMNPV ………… TDYVHKIIRY …… DSNP VSANII …… DDIVRHLIGLQKE … QNS …… PAYAQKFY …… DALNEAAKQLSLAVQYMVSEA … SIPIPLP …

232 α-helix α-helix loop α-helix β-sheet α-helix

420 McMNPV … QQLANDYLTLLLQR …… NIQDVIN … GNTK …… INQLV........