PDF《PNA 序列设计指南》

1 PNA 序列设计指南 具体设计规则: ? 长度:合成 PNA 序列一般不超过

18 个碱基,但不包括接头、氨基酸和标记物.

? 含有氨基酸:可以把一个赖氨酸或半胱氨酸联在序列的 N 端或 C 端. ? 嘌呤含量:富含嘌呤 PNA 易发生聚合反应且水溶性差.为了避免聚合反应,请遵循以 下原则: 1. 将嘌呤含量限制在 60%以下.. 例如: GAT TAG CAG TCT ACG(可行――嘌呤含量< 60%) 2. 连续嘌呤不超过

4 个,而鸟嘌呤则不超过

3 个. 例如: ATT AGG GGC ATC TAC(不可行――连续

4 个G) CTA GAT AGA AGG TTC(不可行――连续

6 个嘌呤) 3. 如果无法避免上述规则,可以考虑探针互补链. 例如: GTA GAT GCC CCT AAT(可行――上面序列的互补序列,未违背任何准则) GAA CCT TCT ATC TAG(可行――上面序列的互补序列) ? 避免自我互补序列: 反向重复、 发夹和回文序列. 由于 PNA/PNA 相互作用比 PNA/DNA 更强,这些类型的探针容易聚合. 1. 四个碱基互补是可行的, 但只含有 C 和G的除外. 然而当它们被一个或多个碱基 间隔时,也是可行的. 例如: GAT AATT GCA(可行――四个碱基互补) GAT CCGG TAC(不可行――只有 CCGG 互补) TAT CCT GGT A(可行――CC,GG 隔了一个碱基) 2.

6 个及以上碱基互补是不可行的.

2 例如: CTA TTA ATG CA(不可行――6 个碱基互补) 3. 当被一个或多个碱基间隔时,6 个碱基互补是可行的,但只含有 C 和G的除外. 例如: AGT GCT ACT(可行――中间有间隔) GCG GCT CGC(不可行――只有 G 和C互补) 4. 即使被一个或多个碱基间隔,8 个碱基互补也是不可行的. 例如: ACTG T CAGT(不可行――8 个碱基互补) 一般规则: ? 我们强烈建议您设计反向平行的 PNA 探针. PNA 可以在任一方向形成双链, 但反向平 行取向优先,形成最普通双链.对于反义和 DNA 探针类型应用,反向平行是最优先构 象.当反向平行取向时,PNA 探针的 N 端相当于 DNA 的5'端. ? PNA 熔点不同于 DNA.由于 PNA 链是不带电的,PNA-DNA 的Tm 值会比相应 DNA-DNA 的高. 通常情况下,

100 mM NaCl 中, 每增加一个碱基, 其Tm 值提高约 1° C. 在较低盐浓度下,其Tm 值的差异将更加明显.通常,一个含

10 个碱基 PNA,其Tm 值约 50° C,含15 个碱基的 PNA Tm 值约 70° C. ? 长度为 12~17 个碱基的 PNA 序列是最佳的. 序列长度主要取决于其具体应用. 与DNA 的应用相比,PNA 探针序列需要的长度更短.链长的 PNA,根据序列,倾向于聚合, 不易纯化和表征.然而,序列越短,特异性越强.因此,对于短序列来说,不匹配的影 响更大. 北京赛百盛基因技术有限公司 全国统一热线:400

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