PDF《用户登录和作业提交规范流程》

用户登录和作业提交规范流程

一、登录 通过 ssh 远程登录到超级计算中心 ln01 节点(219.

231.162.66) ? 如果本地操作系统为 Linux 系统,可直接远程连接并输入用户名及密码登录: $ ssh 用户名@219.231.162.66 ? 其他操作系统请先安装 ssh 登录软件,如Putty(http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/) 免费版 Xshell(http://www.netsarang.com/xshell_download.html) Bitvise SSH MobaXterm DameWare SSH SmarTTY Cygwin 等. 若需传输较多文件,建议使用免费版 Xshell. 示例 1:利用 PuTTY 登录 ln01 节点,步骤如下: 首先运行 PuTTY 程序,进行登录设置 点击 Open 按钮,第一次登录会弹出如下对话框,选择是 输入用户名后点击回车按钮 输入密码(注意此处敲入的密码自动隐藏,请正确输入密码后点击回车按钮) 登录成功 示例 2:利用 Xshell 登录 ln01 节点,步骤如下: 运行 Xshell 程序,点击 New 按钮新建会话,进行登录设置 点击 OK 按钮后,新建会话成功;

在会话列表点击对应会话,并连接 输入用户名,可根据需要选择是否记住用户名(需重复登录可勾选;

公用电脑请勿勾选) 输入密码,可根据需要选择是否记住密码(需重复登录可勾选;

公用电脑请勿勾选) 登录成功

二、修改密码 用户登录成功后,可使用 passwd 命令修改密码.建议用户修改初始密码,保证账号安全. 注意:密码应具有一定复杂性,如同时包含数字、字母和特殊符号等,否则易造成密码修 改失败. $ passwd 修改密码需同时输入原密码和新密码并确认新密码;

返回如下提示表示密码修改成功. 有如下提示,则表示密码修改失败

三、文件上传和下载 ? Linux 系统中,将文件从本地复制到远程的命令如下 $ scp local_file remote_username@remote_ip:remote_folder ? 其他系统利用 Xftp 软件进行文件上传和下载 用Xshell 连接登录后,点击 New File Transfer 按钮建立 Xftp 连接 在要进行传输的文件名处点击右键即可进行文件的上传或下载

四、作业提交流程

1、 编写作业提交脚本文件,详见集群作业调度软件使用培训. 示例: ###PBS 脚本声明部分:――作业申请的计算资源 #!/bin/bash \\让pbs 脚本识别 bash 命令 #PBS -N test_vasp \\设定提交作业的名称,方便区别不同的作业 #PBS -l nodes=2:ppn=3 \\申请使用

2 个节点,每个节点

3 个核心 #PBS -q cu \\指明作业队列,集群作业队列为 cu、fat、mic、gpu ###环境变量部分:――作业需要使用到的包库等 ### intel \\intel 包环境变量生效,可根据需要填写 source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh ###可执行程序部分:――作业具体要运行的命令、程序等,下面以 vasp 软件为例 cd $PBS_O_WORKDIR \\进入目标文件夹 nprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE` \\将并行的总核数赋值给 nprocs,方便下面命令使用 exec=/opt/soft/vasp/vasp \\定义可执行程序的路径 mpirun -genv I_MPI_DEVICE rdma -machinefile $PBS_NODEFILE -np $nprocs $exec

2、 提交作业 $ qsub 脚本文件名 \\相应会返回一个作业号

3、 作业状态查看 $ qstat \\查看作业运行状态,R 为正在运行,Q 为排队,C 为已完成,E 为运算有问题.

4、 删除作业 $ qdel 作业号